Крус беше еврокомисар от Холандия два мандата в комисията, ръководена от Жозе Барозу.
Във втория си мандат тя отговаряше за въпросите на цифровизацията, а в първия - за конкуренцията. Днешни публикации в световната преса посочиха, че името и излиза в т. нар. "Панамски досиета" като ръководител на фирма, свързана с Обединените арабски емирства и енергийната компания Енрон (Enron). Крус е била свързана с офшорната дейност, докато е била еврокомисар.
Нели Крус беше заместник-председател на Европейската комисия и еврокомисар по цифровите технологии.
